U okviru Zavoda za javno zdravlje Kruševac funkcionišu sledeće organizacione jedinice:
- Centar za higijenu i humanu ekologiju
- Centar za humanu mikrobiologiju
- Centar za kontrolu i prevenciju bolesti
- Centar za promociju zdravlja
- Centar za analizu, planiranje i organizaciju zdravstvene zaštite i informatike sa biostatikom u zdravstvu
- Služba za ekonomsko-finansijske poslove
- Služba za opšte, pravne i tehničke poslove